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Generate XDS.INP (view source)

Revision as of 12:13, 28 November 2012

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no edit summary
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# revision 0.26 . KD 7/2012 - Mac-compatibility: replace od flags --skip-bytes= and --read-bytes= with -j and -N (thanks to Oliver Clarke for working this out!)
 
# revision 0.26 . KD 7/2012 - Mac-compatibility: replace od flags --skip-bytes= and --read-bytes= with -j and -N (thanks to Oliver Clarke for working this out!)
 
# revision 0.27 . KD 11/2012 - EXCLUDE_RESOLUTION_RANGE lines and generic Pilatus Flat_field test
 
# revision 0.27 . KD 11/2012 - EXCLUDE_RESOLUTION_RANGE lines and generic Pilatus Flat_field test
−
REVISION="0.27 (23-Nov-2012)"                                                                                 
+
# revision 0.28 . Keitaro 11/2012 - for MarCCD: read oscillation range from the position 1024+736 (fix for omega rotation)
 +
REVISION="0.28 (28-Nov-2012)"                                                                                 
 
#                                                                                                             
 
#                                                                                                             
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "frms/mydata_1_???.img"                                                       
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "frms/mydata_1_???.img"                                                       
Line 141: Line 142:  
   ORGY=`echo "scale=2; $ORGY/1000" | bc -l `                                                               
 
   ORGY=`echo "scale=2; $ORGY/1000" | bc -l `                                                               
   −
   let SKIP=1024+256+128+256+44
+
   let SKIP=1024+736
−
   PHISTART=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   OSCILLATION_RANGE=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')  
−
  let SKIP=1024+256+128+256+76                                                                 
+
   OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; $OSCILLATION_RANGE/1000" | bc -l`  
−
  PHIEND=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}') 
  −
   OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; ($PHIEND-($PHISTART))/1000" | bc -l`                        
   
                                                                                                  
 
                                                                                                  
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
Line 407: Line 406:  
# revision 0.28 Oliver Clarke 10/12 - xds_graph was not plotting h00, 0k0, 00l reflections when a reference dataset was present. Fixed.
 
# revision 0.28 Oliver Clarke 10/12 - xds_graph was not plotting h00, 0k0, 00l reflections when a reference dataset was present. Fixed.
 
# revision 0.29 KD 11/2012 - EXCLUDE_RESOLUTION_RANGE lines and generic Pilatus Flat_field test
 
# revision 0.29 KD 11/2012 - EXCLUDE_RESOLUTION_RANGE lines and generic Pilatus Flat_field test
−
REVISION="0.29 (23-Nov-2012)"                                                                                 
+
# revision 0.30 Keitaro 11/2012 - for MarCCD: read oscillation range from the position 1024+736 (fix for omega rotation) XXX for STARTING_ANGLE=, needs more work to support both phi and omega rotation
 +
REVISION="0.30 (28-Nov-2012)"                                                                                 
 
#                                                                                                             
 
#                                                                                                             
 
# usage: e.g. xds_generate_all "frms/mydata_1_???.img"                                                       
 
# usage: e.g. xds_generate_all "frms/mydata_1_???.img"                                                       
Line 512: Line 512:  
   let SKIP=1024+256+128+256+44
 
   let SKIP=1024+256+128+256+44
 
   PHISTART=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 
   PHISTART=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
−
  let SKIP=1024+256+128+256+76                                                                 
  −
  PHIEND=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}') 
  −
  OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; ($PHIEND-($PHISTART))/1000" | bc -l`                       
   
   STARTING_ANGLE=`echo "scale=3; ($PHISTART/1000)" | bc -l`  
 
   STARTING_ANGLE=`echo "scale=3; ($PHISTART/1000)" | bc -l`  
 +
  let SKIP=1024+736
 +
  OSCILLATION_RANGE=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 +
  OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; $OSCILLATION_RANGE/1000" | bc -l` 
 
                                                                                                
 
                                                                                                
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
Keitaro
33

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