Changes

From XDSwiki
Jump to navigationJump to search
1,331 bytes added ,  18:48, 4 November 2016
→‎The script: rev 0.69 add CMOS1 detector at ALS 4.2.2 as a new detector type
Line 84: Line 84:  
# revision 0.67 . KD 02/10/2016 add BM30A (ADSC SERIAL 924) reverse_phi
 
# revision 0.67 . KD 02/10/2016 add BM30A (ADSC SERIAL 924) reverse_phi
 
# revision 0.68 . KD 24/10/2016 add -H option (follow symlinks) to "find" command (thanks to Jan Gebauer!)
 
# revision 0.68 . KD 24/10/2016 add -H option (follow symlinks) to "find" command (thanks to Jan Gebauer!)
REVISION="0.68 (24-Oct-2016)"
+
# revision 0.69 . KD 04/11/2016 add CMOS-1 MBC Detector at ALS 4.2.2
 +
REVISION="0.69 (04-Nov-2016)"
 +
 
 
#                                                                                                             
 
#                                                                                                             
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "/file/system/frms/mydata_1_???.img"                                                       
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "/file/system/frms/mydata_1_???.img"                                                       
Line 199: Line 201:  
  grep -q BEAM_CENTER_X tmp2      && DET=adsc                                 
 
  grep -q BEAM_CENTER_X tmp2      && DET=adsc                                 
 
  grep -q mar345 tmp2 && DET=MAR345     
 
  grep -q mar345 tmp2 && DET=MAR345     
  grep -q BRUKER tmp2 && grep -q CBF tmp2  && DET=Bruker-cbf                  
+
  grep -q BRUKER tmp2 && grep -q CBF tmp2  && DET=Bruker-cbf  
 +
grep -q CMOS1 tmp2 && DET=adsc-CMOS1                 
 
else
 
else
 
  h5dump -d "/entry/instrument/detector/description" $FIRSTFRAME | grep -i Eiger > /dev/null && DET=eiger
 
  h5dump -d "/entry/instrument/detector/description" $FIRSTFRAME | grep -i Eiger > /dev/null && DET=eiger
Line 296: Line 299:  
       # find NX, QX, ORGX and ORGY:
 
       # find NX, QX, ORGX and ORGY:
 
       NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
 
       NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
 +
      NY=`grep SIZE2 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE2=//`                                           
 
       QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
 
       QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
# FIXME - next 2 lines should be done properly, from header
  −
      NY=$NX                                             
   
       QY=$QX                                               
 
       QY=$QX                                               
 
       BEAM_CENTER_X=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
 
       BEAM_CENTER_X=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
Line 371: Line 373:  
       # find DETECTOR_DISTANCE and OSCILLATION_RANGE:                                                                                 
 
       # find DETECTOR_DISTANCE and OSCILLATION_RANGE:                                                                                 
 
       DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=//`                                                                     
 
       DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=//`                                                                     
       OSCILLATION_RANGE=`grep OSC_RANGE tmp2 | sed s/OSC_RANGE=//`                                                                  
+
       OSCILLATION_RANGE=`grep OSC_RANGE tmp2 | sed s/OSC_RANGE=//`      
 +
                                                           
 +
elif [ "$DET" == "adsc-CMOS1" ]; then
 +
  DETECTOR="ADSC MINIMUM_VALID_PIXEL_VALUE= 1 OVERLOAD= 65000"
 +
  echo Data from CMOS1 MBC detector.
 +
  SENSOR_THICKNESS=0.01                                                       
 +
  sed s/\;// tmp2 > tmp1                                                     
 +
  mv tmp1 tmp2                                                               
 +
  X_RAY_WAVELENGTH=`grep WAVELENGTH tmp2 | head -1 | sed s/WAVELENGTH=//`
 +
  NX=`grep SIZE1 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE1=//`
 +
  QX=`grep PIXEL_SIZE tmp2 | sed s/PIXEL_SIZE=//`
 +
  NY=`grep SIZE2 tmp2 | tail -1 | sed s/SIZE2=//`                                           
 +
  QY=$QX                                             
 +
  ORGX=`grep BEAM_CENTER_X tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_X=//`
 +
  ORGY=`grep BEAM_CENTER_Y tmp2 | sed s/BEAM_CENTER_Y=//`
 +
  REVERSE_PHI="yes"
 +
  DETECTOR_DISTANCE=`grep ^DISTANCE tmp2 | sed s/DISTANCE=/-/`                                                                   
 +
  OSCILLATION_RANGE=`grep OMEGA_DELTA tmp2 | sed s/OMEGA_DELTA=//` 
 +
  DIRECTION_OF_DETECTOR_X_AXIS="-1 0 0"                                                               
    
elif [ "$DET" == "pilatus" ]; then
 
elif [ "$DET" == "pilatus" ]; then
Line 718: Line 738:  
if [ "$DET" == "Bruker-cbf" ]; then
 
if [ "$DET" == "Bruker-cbf" ]; then
 
   echo "DELPHI=15 ! refine less often than the default of 5" >> XDS.INP
 
   echo "DELPHI=15 ! refine less often than the default of 5" >> XDS.INP
 +
elif [ "$DET" == "adsc-CMOS1" ]; then
 +
  echo UNTRUSTED_RECTANGLE= 0 1468  2451 2631  >> XDS.INP
 
elif [ "$DET" == "pilatus" -o "$DET" == "eiger" ]; then
 
elif [ "$DET" == "pilatus" -o "$DET" == "eiger" ]; then
 
cat >> XDS.INP << eof
 
cat >> XDS.INP << eof
2,517

edits

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies.

Navigation menu