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63 bytes added ,  08:50, 2 July 2012
→‎The script: version 0.26
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# revision 0.23 . KD 1/2012 - add UNTRUSTED_QUADRILATERAL, remove MINIMUM_ZETA (0.05 is default now)
 
# revision 0.23 . KD 1/2012 - add UNTRUSTED_QUADRILATERAL, remove MINIMUM_ZETA (0.05 is default now)
 
# revision 0.24 . KD 3/2012 - remove revision 0.10 since XDS now takes much longer paths
 
# revision 0.24 . KD 3/2012 - remove revision 0.10 since XDS now takes much longer paths
# revision 0.25 . KD 3/2012 - remove revision 0.22 for PSI Pilatus 2M; see http://www.globalphasing.com/autoproc/wiki/index.cgi?TroubleShootingKnownIssues
+
# revision 0.25 . KD 3/2012 - remove revision 0.22 for PSI Pilatus 2M; see http://www.globalphasing.com/autoproc/wiki/index.cgi?
REVISION="0.25 (30-Mar-2012)"                                                                                 
+
# revision 0.26 . KD 7/2012 - Mac-compatibility: replace od flags --skip-bytes= and --read-bytes= with -j and -N (thanks to Oliver Clarke for working this out!)
 +
TroubleShootingKnownIssues
 +
REVISION="0.26 (02-Jul-2012)"                                                                                 
 
#                                                                                                             
 
#                                                                                                             
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "frms/mydata_1_???.img"                                                       
 
# usage: e.g. generate_XDS.INP "frms/mydata_1_???.img"                                                       
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# known problems:                                                                                             
 
# known problems:                                                                                             
 
# - for ADSC detectors, there are at least three ways to obtain ORGX and ORGY values from the header (see below);
 
# - for ADSC detectors, there are at least three ways to obtain ORGX and ORGY values from the header (see below);
# - the same might be a problem for MAR headers, too (not sure about this)                                      
+
# - the same might be a problem for MAR headers, too (not sure about this)  
 +
# - on Mac OS X, Xcode (from http://developer.apple.com/tools/xcode) might be needed - not sure about this                             
 
#                                                                                                                 
 
#                                                                                                                 
 
# notes for debugging of the script:                                                                             
 
# notes for debugging of the script:                                                                             
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   # use first frame of dataset to obtain parameters               
 
   # use first frame of dataset to obtain parameters               
   −
   # offsets are documented; values can be find in mccd_xdsparams.pl script
+
   # offsets are documented; values can be found in mccd_xdsparams.pl script
 
   let SKIP=1024+80                                                         
 
   let SKIP=1024+80                                                         
   NX=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   NX=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                         
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                         
   NY=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   NY=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
    
   let SKIP=1720
 
   let SKIP=1720
   DETECTOR_DISTANCE=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   DETECTOR_DISTANCE=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 
   DETECTOR_DISTANCE=`echo "scale=3; $DETECTOR_DISTANCE/1000" | bc -l`                                     
 
   DETECTOR_DISTANCE=`echo "scale=3; $DETECTOR_DISTANCE/1000" | bc -l`                                     
 
                                                                                                            
 
                                                                                                            
 
   let SKIP=1024+256+128+256+4                                                                             
 
   let SKIP=1024+256+128+256+4                                                                             
   ORGX=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')             
+
   ORGX=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')             
 
   ORGX=`echo "scale=2; $ORGX/1000" | bc -l `                                                               
 
   ORGX=`echo "scale=2; $ORGX/1000" | bc -l `                                                               
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                                         
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                                         
   ORGY=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')             
+
   ORGY=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')             
 
   ORGY=`echo "scale=2; $ORGY/1000" | bc -l `                                                               
 
   ORGY=`echo "scale=2; $ORGY/1000" | bc -l `                                                               
    
   let SKIP=1024+256+128+256+44
 
   let SKIP=1024+256+128+256+44
   PHISTART=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   PHISTART=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 
   let SKIP=1024+256+128+256+76                                                                   
 
   let SKIP=1024+256+128+256+76                                                                   
   PHIEND=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')   
+
   PHIEND=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')   
 
   OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; ($PHIEND-($PHISTART))/1000" | bc -l`                         
 
   OSCILLATION_RANGE=`echo "scale=3; ($PHIEND-($PHISTART))/1000" | bc -l`                         
 
                                                                                                  
 
                                                                                                  
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+4                                                                 
   QX=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')       
+
   QX=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')       
 
   QX=`echo "scale=10; $QX/1000000" |bc -l `                                                       
 
   QX=`echo "scale=10; $QX/1000000" |bc -l `                                                       
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                               
 
   let SKIP=$SKIP+4                                                                               
   QY=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')       
+
   QY=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')       
 
   QY=`echo "scale=10; $QY/1000000" |bc -l `                                                       
 
   QY=`echo "scale=10; $QY/1000000" |bc -l `                                                       
    
   let SKIP=1024+256+128+256+128+128+12
 
   let SKIP=1024+256+128+256+128+128+12
   X_RAY_WAVELENGTH=$(od -t dI --skip-bytes=$SKIP --read-bytes=4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
+
   X_RAY_WAVELENGTH=$(od -t dI -j $SKIP -N 4 $FIRSTFRAME | head -1 | awk '{print $2}')
 
   X_RAY_WAVELENGTH=`echo "scale=5; $X_RAY_WAVELENGTH/100000" | bc -l`                                     
 
   X_RAY_WAVELENGTH=`echo "scale=5; $X_RAY_WAVELENGTH/100000" | bc -l`                                     
  
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